Menyusuri perjalanan sejarah di Tanah Papua khususnya di dataran Numbay tercatat bahwa pada tanggal 13 Agustus 1768 seorang pelaut berkebangsaan Perancis bernama L.A. Bougainvelle berlabuh di Teluk Numbay/Yos Sudarso dan memberi nama Gunung Dobonsolo dengan nama Cyclop dalam bahasa Yunani/Grika yang berarti Raksasa Bermata Satu. Dia juga memberi nama pada sebuah Gunung disebelah Timur Jayapura yang terletak disekitar Skouw dengan namanya sendiri yaitu Gunung Bougainvelle.

Ibu Kota Jayapura hingga kini tetap diapit oleh Samudara Pasifik disebelah Timur dan sebelah Baratnya terbentang Lekuk-lekuk Gugusan Pegunungan Cicklop/Dobonsolo.

Perjalanan singkat Sejarah berdirinya Kota Kabupaten Jayapura yang dimulai dari Pulau Debi di Teluk Yotefa hingga ke Gunung Paniau daratan Dobonsolo Sentani adalah sebagai berikut :

  1. Tahun 1900 – 1910 dimulai dengan pembukaan Pos Pemerintahan di Pulau Debi yang terletak di Teluk Yotefa antara Kampung Tobati dan Enggros yang berfungsi sebagai Pusat Pengabaran Injil di Daratan Jayapura/Numbay.
  2. Tahun 1909 berdasarkan Surat Keputusan (Besillit) Gubernur Hindia Belanda No. 4 Tahun 1909 tertanggal 28 Agustus 1909 maka berangkatlah satu Detasemen Militer yang terdiri dari empat Perwira dan 80 Prajurit dibawah Pimpinan Kapten Infantri F.J.P Sachese dengan menumpang Kapal Perang EDI dan bertolak dari Manokwari menuju daratan Numbay dengan tugas untuk membantu persiapan bagi Komisi Pengaturan Perbatasan Antara Belanda dengan Jerman untuk memegang dan mengendalikan kekuasaan disana. Satu bulan kemudian tepatnya tanggal 28 September 1909 mereka berhasil mendarat di Teluk Numbay/Humbolt dan membuat markas di Taman Imbi atau yang sekarang kita kenal dengan Gedung Sarinah dan Percetakan Labor Jayapura.
  3. Tanggal 7 Maret 1910 atau tepatnya enam bulan kemudian Kapten Infantri F.J.P. Sachese memproklamirkan Dataran Numbay dengan sebutan baru yaitu Hollandia dan dikukuhkan sebagai Ibu Kota Pemerintahan menggantikan Pos Pemerintahan di Pulau Debi yang ditutup.
  4. Setelah 32 tahun tepatnya di tahun 1942 setelah Ibu Kota Hollandia berdiri Tentara Japang berhasil mendarat dan menguasai Tanah Papua termasuk Ibu Kota Hollandia.
  5. Dua tahun kemudian setelah perang Dunia kedua akan berakhir atau tepatnya di tahun 1944, Belanda kembali menguasai Tanah Papua dan memindahkan Ibu Kota Hollandia yang terletak didaratan Numbay teluk Humbolt ke daratan Makanwai.
  6. Tahun 1944-1946 Dataran Makanwai diganti namanya menjadi Kota NICA dan menjadi Ibu Kota Keresidenan New Guinea (sekarang lebih dikenal dengan Kampung Harapan).
  7. Pada bulan Maret 1946 Kota NICA dilembah Makanwai dipindahkan ke NIBI-ABEI yaitu bekas komplek Rumah Sakit Armada ke VII dan menjadi Kota NICA yang baru akan tetapi 5 (lima) bulan kemudian dirubah kembali namanya menjadi Kota Baru (sekarang Kota Abepura).
  8. Tahun 1946-1951 karena kepindahan Pemerintahan di Kota Baru menyebabkan Gedung Markas Besar yang menjadi kediaman Jendral Mac Arthur yang terletak di Camp Seven Fleet (Ifar Gunung Sentani) turut dipindahkan.
  9. Markas Besar yang sekarang berada di Kota Baru digunakan sebagai Ambdswoning Residen yang kemudian digunakan sebagai Istana Gubernur (sekarang Gedung FISIP UNCEN) terletak di Abepura dan terkenal disebut sebagai Gedung Transistor.
  10. Tahun 1951-1955 Kota Baru diganti namanya menjadi Hollandia Stad
  11. Tahun 1955-1958 Kota Hollandia Stad yang menjadi Ibu Kota Kabupaten Jayapura diganti kembali namanya menjadi Hollandia Binnen.
  12. Tahun 1958 Ibu Kota Hollandia Binnen dipindahkan lagi ke Pantai Teluk Numbay/Humbolt (Hollandia Haven) dan dibangun pula Kantor Gubernur beserta Kantor-kantor Dinas di Dok II yang selanjutnya menjadi Ibu Kota Pemerintahan dengan nama Hollandia.
  13. Tanggal 31 Desember 1962 Nama Ibu Kota Pemerintahan Hollandia diganti menjadi Kota Baru.
  14. Tanggal 31 Desember 1963 untuk pertama kalinya Presiden Pertama Republik Indonesia Bpk. Ir. Soekarno mengunjungi Tanah Papua dan mengganti nama Kota Baru menjadi Soekarnopura dan Teluk Hubolt menjadi Teluk Yos Sudarso.
  15. Tahun 1965 atau tepatnya setelah terjadi Gerakan 30 September 1965 PKI, maka nama Kota Soekaropura dirubah menjadi Djajapura.
  16. Tahun 1969 ditetapkan pembentukan Kabupaten Jayapura sebagai Daerah Otonomi dengan Ibu Kota Jayapura berdasarkan Undang-undang No. 12 Tahun 1969 tentang Pembentukan Propinsi Otonom Irian Barat dan Kabupaten-kabupaten Otonom di Propinsi Irian Barat.
  17. Tahun 1979 atau tepatnya sepuluh tahun kemudian Kabupaten Jayapura dimekarkan dan memiliki Kota Administratif Jayapura yang dikukuhkan berdasarkan Peraturan Pemerintah RI No. 26 Tahun 1979 tertanggal 28 Agustus 1979 dengan wilayah yang meliputi dua Kecamatan yaitu Kecamatan Jayapura Utara dan Kecamatan Jayapura Selatan dibawah pembinaan Kabupaten Jayapura.
  18. Tahun 1993 setelah empat belas tahun melalui beberapa tahapan dan penilaian maka status Kota Administratif Jayapura dinaikkan statusnya menjadi Kotamadya Jayapura berdasarkan Undang-undang No. 6 Tahun 1993 tentang Pembentukan Kotamadya Daerah Tingkat II Jayapura yang diresmikan pelaksanaannya tanggal 21 September 1993 dengan Wilayah Cakupan empat Kecamatan yaitu: Kecamatan Jayapura Utara, Kecamatan Jayapura Selatan, Kecamatan Abepura dan Kecamatan Muara Tami dan sekaligus menjadi Kotamadya terluas wilayahnya di Indonesia.
  19. Tepat satu abad atau 100 tahun kemudian yang dimulai dari Pembukaan Pos Pemerintahan di Pulau Debi yaitu tahun 1900 sampai dengan tahun 2000 Pemerintah Republik Indonesia menetapkan Peraturan Pemerintah No. 15 Tanggal 10 Bulan Maret Tahun 2000 tentang Pemindahan Ibu Kota Kabupaten Jayapura dari Kota Jayapura ke Wilayah Sentani.
  20. Berdasarkan Surat keputusan tersebut maka tanggal 10 Maret dapat dikatakan sebagai tonggak awal Sejarah keberadaan Kantor Kabupaten Jayapura di Kota Sentani dan ditetapkan sebagai hari jadi Kota Sentani.

Dengan latar belakang sejarah yang demikian maka Kota Kabupaten Jayapura saat ini terbangun diatas perbukitan atau tepatnya diatas Gunung Paniau dibawah kaki Gunung Sicklop dan memiliki Kawasan Kantor Pemerintahan yang megah dan memberikan warna serta keindahan tersendiri baik diwaktu siang maupun malam hari.